Ο μύθος θέλει τη Μύκονο να κρατάει καλά στα σπλάχνα της τους γίγαντες που εξολόθρευσε ο Ηρακλής κατά τις περίφημες γιγαντομαχίες.
Κατά τη διάρκεια της ιστορίας, το νησί περνάει από τα χέρια των Ρωμαίων στους Βυζαντινούς, οι οποίοι στήνουν μία σειρά έργων αντιμετώπισης των Αράβων πειρατών. Στη συνέχεια, όταν κυριάρχησαν οι Βενετοί, ο Μπαρμπαρόσα καταστρέφει το νησί, το 1537.
Την περίοδο των Οθωμανών, η Μύκονος υπάγεται στη δικαιοδοσία του αρχηγού του Οθωμανικού στόλου και αποκτά κατά κάποιο τρόπο την αυτονομία της. Την περίοδο της Ελληνικής επανάστασης του 1821, επηρεασμένοι από την ηρωίδα του νησιού, τη Μαντώ Μαυρογένους, αποκρούουν με ζήλο μια επίθεση μοίρας του τουρκικού στόλου και συμμετέχουν στον απελευθερωτικό αγώνα.